În vremea stăpânirii Imperiului otoman, prin anii 1850, bulgarii din satul Caranasuf, Istria de astăzi, au vrut să îşi ridice un lăcaş de închinare. Au trimis autorităţilor musulmane de la Babadag nenumărate solicitări, până li s-a îngăduit să îşi construiască o bisericuţă. Dar nu oricum, ci cu nişte condiţii, care apar în documentul emis de Abdul Megid Paşa, în 1857: Să nu fie mai înaltă decât casele satului şi să nu aibă turle şi clopote.
Bulgarii au construit-o deci cu un metru sub pământ, îngropată, şi cu cinci arcade scunde pe faţădă. Atât de scunde, încât trebuie să îţi pleci capul pentru a putea intra, un îndemn la smerenie, spune preotul satului, Nicolae Herţa. Se pare însă că bulgarii au avut altă socoteală de le-au făcut atât de scunde: voiau să se asigure că niciun “păgân” nu poate intra cu calul în biserică.
Materialul de construcție a fost luat din cetatea Histria
Piatra pentru construcţii au luat-o de la cetatea Histria, aflată în apropiere, o dată cu capiteluri de coloane greceşti şi două pietre funerare antice. Tot de la Histria au luat şi 52 de amfore, câte una pentru fiecare săptămână a anului, pe care le-au zidit în pereţi, pentru a spori acustica unei biserici atât de scunde.
Când bulgarii s-au întors în locurile de baştină ale străbunilor lor, o dată cu schimbul de populaţie din 1940, au lăsat în bisericuţa de la Istria odoarele cele mai de preţ, ca semn al trecerii lor pe aici: icoane, cărţi şi vase de cult, veştminte şi steaguri. Toate au fost aşezate într-un muzeu din curtea bisericii, pentru a putea fi păstrate în bune condiţii şi admirate de cei ce trec pe aici.
Bisericuţa de la Istria este încadrată ca Monument istoric de categoria A, şi a fost refăcută în anul 2012.
Aflată la doar 60 de kilometri de Constanţa, Biserica Îngropată de la Istria este o atracţie pentru turiştii ce vin în zonă să viziteze cetatea Histria.